ფაგების გამოყენებისას მიზანშეწონილია თავდაპირველად განისაზღვროს, თუ რომელი ბაქტერიაა ინფექციის გამომწვევი და ასევე დადგინდეს ამ ბაქტერიის მგრძნობელობა კომერციული ფაგური პრეპარატების მიმართ.
კომერციული ბაქტერიოფაგების მიმართ რეზისტენტობის შემთხვევაში, ავტორიზებულ აფთიაქში მზადდება მკურნალი ექიმის და პაციენტის მოთხოვნით ინდივიდუალური ბაქტერიოფაგი. მზადდება ფაგები, როგორც სითხის, ასევე შესაძლებელია რბილი სამკურნალო ფორმების დამზადება.